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电渗析器的基本原理是利用离子交换膜的选择透过性，使得某些离子在电场作用下定向迁移，从而实现溶液的淡化、浓缩或纯化等目的，当向电渗析器施加一定电压时，溶液中的离子会随之产生定向移动，其中阳离子会向负极方向移动，而阴离子则会向正极方向移动，由于离子交换膜的选择透过性，某些离子可以通过膜，而其他离子则被阻隔在膜的一侧，从而达到分离的效果，这种分离过程是可逆的，可以通过调整电流或溶液浓度来改变分离效果。
至于电渗析用的膜，它是一种具有选择透过性的膜，通常是由离子交换树脂或高分子材料制成，这种膜具有离子导电性，允许相应电荷的离子通过，同时阻挡其他离子，常见的电渗析膜包括阳离子交换膜和阴离子交换膜，阳离子交换膜允许阳离子通过，而阻止阴离子；相反，阴离子交换膜允许阴离子通过，而阻止阳离子，这些膜的选择透过性是通过其内部的固定基团来实现的，这些基团能够与溶液中的离子进行交换并选择性透过。
电渗析器利用电场和离子交换膜的选择透过性来实现溶液的分离和纯化等目的，而在这个过程中所使用的膜则是实现这一原理的关键组件之一。
